Kolejne lata spędził w Krakowie, mieszkając u państwa Riegerów, gdzie w pełni chłonął atmosferę miasta. W Krakowie ani za bardzo nie byłem w stanie grać na fortepianie, ani pisać, ani porządnie się uczyć – wspominał. Miałem bodajże sześć niedostatecznych na pierwsze półrocze i dwa na koniec (z czym można było wówczas przejść do następnej klasy (…) Zwiedzałem Wawel, muzea, spacerowałem po Plantach, zachwycałem się dziełami Stanisława Wyspiańskiego i Jana Matejki. Szalałem za teatrem. (…) Właściwie chłonąłem Kraków z jego atmosferą, poznawałem ulice, pozwalałem sobie na kawę u Maurizia (wtedy wejście do kawiarni pełnej dorosłych, gdzie kelnerzy pamiętali czasy przedwojenne miało posmak grzechu). Chodziłem też oczywiście na koncerty. (Klaudia Podobińska, Leszek Polony, Cieszę się darem życia). Będąc w Krakowie uczył się gry na fortepianie u Marii Bilińskiej-Riegerowej oraz pobierał prywatne lekcje harmonii u Artura Malawskiego.

W 1948 roku wyjechał do Katowic. Tam ukończył średnią szkołę muzyczną w klasie Władysławy Markiewiczówny oraz Państwową Wyższą Szkołę Muzyczną Bolesława Woytowicza (fortepian i kompozycja). Naukę u Woytowicza określił jako edukację kompletną. Odbywaliśmy – wspominał - rozmowy na rozmaite tematy, w tym pierwsze w moim życiu, głębokie rozmowy na tematy filozoficzne. To było także moje pierwsze zatknięcie się z wielkim światem, wybitnym artystą, który całe lata spędził w Paryżu, a więc po prostu olśnienie. (Leszek Polony, Kilar. Żywioł i modlitwa, 2005). Ukończywszy studia z wyróżnieniem został asystentem B. Woytowicza w krakowskiej PWSM (1955). W tym samym roku został laureatem drugiej nagrody za Małą uwerturę na orkiestrę symfoniczną na Konkursie Utworów Symfonicznych w ramach V Festiwalu Młodzieży w Warszawie. Mała uwertura była pierwszym utworem Wojciecha Kilara wydanym przez Polskie Wydawnictwo Muzyczne.